Con la aurora del triunfo revolucionario del 1ro. de enero del 1959, el desarrollo científico técnico se convirtió en una tarea priorizada en nuestro país.
El 31 de octubre de 1985  por Resolución Ministerial No. 253, se crea la Comisión Nacional de Toxicología del Ministerio de Salud Pública (MINSAP) presidida por el Doctor Rafael Pérez Cristiá, con representantes de otros organismos.
La idea de crear un Centro Antitóxico en Cuba, con carácter nacional, fue gestada en el Ministerio de Salud Pública para garantizar la creación, organización y desarrollo de esa entidad.
El 15 de noviembre de 1986 quedó inaugurado el Centro Nacional de Toxicología (CENATOX), con la presencia  de funcionarios del, Ministro de Salud Pública, y especialistas del Ministerio de Salud. Este centro con sede en calle 114 y ave. 31 Hospital Docente "Dr. Carlos J. Finlay" marcó una etapa prodigiosa en el desarrollo de esta rama de las ciencias en Cuba.
El 20 de agosto del propio año se habían presentado en el Hospital Central "Dr. Carlos J. Finlay"  seis especialistas egresados de la  otrora Unión Soviética, los Doctores Bernardino R. Moya Díaz, Alfredo Arias González, Rafael Peláez Rodríguez, Rolando Pérez Salgado, Pedro R. Fleites Mestre y Diego González Machín, formando parte del grupo de fundadores del CENATOX.
En los inicios, la estructura funcional del centro contó con un Departamento de Información Toxicológica, con el fin de brindar información de urgencia las 24 horas del día, durante todo el año, un Laboratorio de Toxicología Analítica y un Departamento de Toxicología Experimental.
El 12 de abril de 1987 el entonces Ministro del MINSAP, Dr. Julio Tejas Pérez,  reconoció la importancia de esta institución, ya que era la única de este tipo en el país y que constituía un centro de referencia nacional para el diagnóstico y tratamiento de las intoxicaciones agudas y la vía idónea para el desarrollo de la especialidad,  y solicitó autorización para que esta entidad asumiera las funciones de coordinador en nuestro país de esta actividad y oficializar su incorporación a la Red de Cooperación a nivel regional de Toxicología. El 20 de mayo del propio año  se, aprueba la propuesta de las nuevas funciones del CENATOX.
En 1988 Cuba fue sede del IV Congreso Latinoamericano de Toxicología Analítica y Experimental, organizado por los especialistas del CENATOX. Por primera vez se realizaba en nuestro país  una actividad de Toxicología de forma independiente. En este marco se desarrolló el primer Congreso Nacional de Toxicología, el Congreso Internacional Toxicología 88 y el II Coloquio Internacional de Toxicología Forense.
Por el trabajo desarrollado por el colectivo de trabajadores en este año se le otorga al Centro el "Diploma de Unidad Modelo en la Lucha por la Calidad y la Eficiencia en los Servicios".
En Resolución Ministerial No. 231 del 21 de Diciembre de 1989 se plantea reestructurar la Comisión Nacional de Toxicología, asumiendo la función de coordinar los trabajos relacionados con el desarrollo de la Toxicología en sus aspectos preventivos, investigativos, asistenciales, entre los que se destacaban la contribución a la creación de comisiones provinciales de Toxicología, estableciendo un sistema nacional en la especialidad, contribuyendo a la consolidación y desarrollo del CENATOX y el Centro de Información especializado para la rama.
El viernes 15 de febrero de 1991 el CENATOX participó en la reunión de Centros de Investigación, donde se expresó la voluntad de que esas entidades integraran  el Polo Científico del Oeste de La Habana. En esta reunión  los funcionarios que la dirigían expresaron su interés en visitar las áreas del Hospital donde se encontraba el Centro Nacional de Toxicología, presentándose de forma sorpresiva, a las 08:00 horas del 20 de febrero de 1991 en las  áreas que ocupaba en aquel entonces el  CENATOX. Dichos funcionarios visitaron las instalaciones y se interesaron en la factibilidad de desarrollar la idea aprobada en la reunión del día 15 de febrero, considerando que existían las condiciones en los terrenos aledaños a la institución para la construcción de los laboratorios y el vivario.
El 25 de noviembre de 1991, el Dr. Julio Tejas Pérez, Ministro de Salud Pública, firma la Resolución Ministerial No. 213 que plantea la creación de la Comisión Asesora para las Evaluaciones Preclínicas de Medicamentos del MINSAP, crea la Red Nacional de Laboratorios para la realización de estas evaluaciones y designa al CENATOX coordinador de toda la actividad toxicológica nacional.
El CENATOX  como centro de control de intoxicaciones cumplía los requisitos establecidos por la  Organización Mundial de la Salud (OMS) y el Programa Internacional de Seguridad Química (IPCS) nombrándolo representante de la actividad por nuestro país ante estos organismos, convirtiéndose en uno de los centros más completos de su tipo en América Latina y el Caribe, condición reconocida en eventos internacionales.
El 7 de octubre de 1991, se inició en el CENATOX el 1er. Estudio de postgrado en Toxicología Clínica, impartido por especialistas del propio centro, iniciándose un período de formación de profesionales de la salud en esta rama. De estos cursos se impartieron cuatro ediciones.
A partir de 1992 el CENATOX se estructuró de la siguiente forma: área clínica, área experimental, área de información y grupo coordinador de ensayos clínicos.
Este mismo año  a la institución se le entregó el Diploma de “Unidad del Pueblo y Para el Pueblo”.
Por el prestigio alcanzado durante estos años de trabajo, el Centro formó parte del grupo nacional creado para evaluar los casos de Neuritis óptica, realizando destacados estudios como “Análisis y discusión de la hipótesis tóxica – nutricional como posible causa de la neuropatía epidémica”.
El 19 de octubre de 1992 por Resolución Ministerial No. 18/92, firmada por la Lic. Carmen A. Rodríguez, Jefa del Departamento de Asociaciones del Ministerio de Justicia, se autorizó la constitución de la asociación “Sociedad Cubana de Toxicología”. El acto de constitución fue realizado el 2 de febrero de 1993 a las 5.00 p.m en el 4to. piso del MINSAP, presidida por el Viceministro Dr. Julián Alvarez Blanco. Los iniciadores de la denominada “Sociedad Cubana de Toxicología”, fueron los Doctores Rafael Pérez Cristiá, Diego González Machín y Bernardino R. Moya Díaz. En sus inicios esta Sociedad contó con 59 fundadores.
En 1994 el personal  del CENATOX recibió el Diploma de “Colectivo Moral”.
En 1993 se crea el Grupo de Bioequivalencia, reconocido por las instituciones que forman el Polo Científico del Oeste de la Capital, Industria Médico Farmacéutica y el MINSAP.
Por las actividades desarrolladas en nueve años de trabajo, en 1995, el Centro fue designado para organizar y desarrollar el “Primer Curso de Fortalecimiento del Liderazgo de Centros de Toxicología en Centro América”; participando 11 países, incluyendo el nuestro, donde estuvo representada América Latina, Siria y Angola.
Un año después, 1996, se inició la primera Maestría en Toxicología Clínica. En 2005 se impartió la novena edición de la Maestría de Toxicología Clínica.
En ocasión de realizarse el 9no. Congreso Latinoamericano de Toxicología, celebrado en Montevideo, Uruguay, Cuba resultó electa por mayoría para asumir la presidencia de la Asociación Latinoamericana de Toxicología (ALATOX), siendo su presidente el entonces Director  del CENATOX, el Dr. Rafael Pérez Cristiá, quien dirigió esta Asociación  hasta el mes de noviembre de 1998. En dicho evento Cuba fue designada sede del X Congreso Latinoamericano de Toxicología, actividad científica que fue organizada por los especialistas del Centro y desarrollada entre el 23 y 27 de noviembre de 1998 en el Palacio de Convenciones de Ciudad de La Habana.
El 23 de mayo de 1999 el  Dr. Rafael Pérez Cristiá, ante todo el colectivo del CENATOX, hace entrega al Dr. Bernardino R. Moya Díaz de la  Dirección del Centro. El 20 de noviembre del propio año  se hace oficial este nombramiento.
Con el advenimiento del nuevo siglo, el CENATOX ha sido protagonista de la continuidad del desarrollo de esta rama de las Ciencias Médicas. La nueva dirección del Centro tomó como premisas el fortalecimiento de la Toxicología en todo el país.
El 4 de noviembre de 1999, se  redactó un documento que expone las condiciones en que se creó el Centro y las tareas cumplidas relacionadas con el MINSAP durante 13 años de trabajo, lo que constituyó la base para revitalizar el convenio vigente entre el MINSAP y el CENATOX y así garantizar el funcionamiento exitoso de nuestro centro.
El nuevo Consejo de Dirección realizó un profundo análisis de sus misiones, fue una etapa de reorganización, con el objetivo de perfeccionar la asistencia médica y ampliar el campo de sus temas de investigación.
En el mes de abril del propio año, el CENATOX fue nombrado miembro de la Comisión del Formulario Nacional de Medicamentos del MINSAP.
En el primer trimestre del año 2000 se creó en el Centro el Grupo de Toxicovigilancia, el que marca las pautas para las tareas de vigilancia epidemiológica de las intoxicaciones agudas en el país.
En marzo del 2001 se realiza una visita de trabajo a cinco Hospitales del país, dejando estructurado el Sistema Integral de Atención al Paciente Intoxicado, como sistema imprescindible para recepcionar intoxicados masivos.
Teniendo en cuenta los conocimientos adquiridos por el Doctor Alfredo Arias González y el Doctor Rafael Peláez Rodríguez en el curso “Defensa Médica contra el Arma Química” desarrollados en Teherán, República Islámica de Irán, en octubre del año 2000, ambos especialistas impartieron en el mes de junio del año 2001 un curso dirigido al personal médico de especialidades afines.
El Dr. Carlos Dotres Martínez, Ministro de Salud Pública, por Resolución Ministerial No. 136 aprueba la creación de las Brigadas Médicas Toxicológicas en todas las provincias del país y el Municipio Especial Isla de la Juventud.
Una de las actividades desarrolladas por la institución fue la reestructuración de los módulos de Botiquines Antitóxicos de todo el Sistema Nacional de Salud.
La Dirección trazó la misión de extender las actividades toxicológicas, para ello organizó la creación de las consultas especializadas de Toxicología en los municipios, creándose la primera en el municipio Guanabacoa el 30 de agosto del 2002. En nuestro Centro se creó la consulta especializada de Ciguatera y la consulta de atención al personal expuesto a sustancias químicas.  Nuestro centro participa en el Programa Nacional de Enfrentamiento al Consumo de Drogas Ilícitas y  en la capacitación del personal médico y paramédico  en el enfrentamiento a este flagelo, desarrollando talleres, cursos, etc. a todos los niveles. El CENATOX es miembro de la Comisión Nacional y Provincial de Salud Pública que dirige metodológicamente esta actividad.
Con el objetivo de revitalizar el CENATOX, el 9 de noviembre del 2002 se presentó una propuesta de la situación y perspectivas del desarrollo de la especialidad de Toxicología, misión, objetivos y funciones del CENATOX para el  MINSAP y Polo Científico.
El 5 de octubre del 2001 se presentó al Viceministerio de Asistencia Médica del MINSAP, representado por la Dr. Yamila de Armas una propuesta de organización de la Toxicología en los tres niveles de salud, las relaciones entre ellas y propuesta de Centros Regionales, en el que el CENATOX independiente a sus funciones de Centro Nacional cumple las funciones de Centro Regional para las provincias occidentales.
El 5 de diciembre del 2002 el CENATOX crea en Ciudad de La Habana el Grupo Provincial de Toxicología y dos días después, el 7 de diciembre crea el Grupo Provincial de Provincia Habana.
En el marco del análisis que se realizó en el despacho de trabajo con el Ministro de Salud Pública, realizado en abril del 2003, relacionado con la revitalización del CENATOX, para el cumplimiento de sus funciones como Centro de Referencia del país, que incluye su participación en el enfrentamiento  al consumo de drogas, intoxicaciones masivas, etc. se definió por la Dirección del MINSAP la inserción del Centro en el Viceministerio de Asistencia Médica y Social para materializar su institucionalización, aseguramientos y funcionamiento por el MINSAP.
Posteriormente se realizó un proceso y análisis entre el CENATOX y el MINSAP quedando concluida la referida inserción el 9 de Julio del 2003.
En esta etapa se confeccionó el  expediente de perfeccionamiento del CENATOX.
El día 3 de septiembre del año 2003 se emite el Acta de Conciliación del Dictamen sobre el perfeccionamiento del CENATOX donde se propone se valore categorizar al Centro como entidad independiente,  insertado en el Viceministerio de Asistencia Médica y Social del MINSAP como Centro de Referencia Nacional y ubicado en el campamento del Hospital Docente “Dr. Carlos J. Finlay” que actúa como unidad independiente administrativa y de servicios del CENATOX.
Como parte de los documentos elaborados por la Comisión MINSAP – CENATOX para insertar este último en el Viceministerio de Asistencia Médica y Social el Ministro de Salud Pública, el Dr. Damodar Peña Pentón, firma la Resolución Ministerial No. 228, mediante la cual se designa al CENATOX como Centro de Referencia Nacional en su especialidad para todas las instituciones asistenciales del Sistema Nacional de Salud firmada el 1ro. de diciembre del 2003 y la Resolución Ministerial No. 229 que regula el funcionamiento de las Brigadas Médicas Toxicológicas, así como la Política Nacional de Antídotos, dirigida por el CENATOX y firmada en igual fecha a la anterior.
La calificación del potencial humano, ha permitido que durante estos últimos tres años (2201 - 2003) la institución haya alcanzado un crecimiento sostenido en los resultados investigativos con impacto en lo científico, tecnológico, económico, social y medio ambiente. Todo esto ha contribuido a que en diciembre del 2003 se presentara un expediente para el registro de la Entidad como Unidad de Ciencia e Innovación Tecnológica y posteriormente entregado al CITMA.
Por los logros alcanzados durante el año 2002, esta institución recibió el 19 de septiembre del año 2003 el Certificado que la acredita como “Centro Moncadista”.
El 25 de noviembre del propio año, la Sección Sindical recibe la visita de la Secretaria General del Sectorial declarando,  por los resultados obtenidos, esta Sección Sindical “Martiana y Moncadista  y de Referencia de nuestro Sectorial.
Teniendo en cuanta la experiencia alcanzada por los especialistas del CENATOX, el Frente Bioagrícola solicita que el Centro coordinara el desarrollo de los estudios ecotoxicológicos para lograr el registro de los bioproductos (biofertilizantes, bioplaguicidas, etc.). A partir de junio del 2000 el CENATOX, como miembro del Polo Científico del Oeste de la Capital, es el Coordinador Nacional de los estudios de Ecotoxicología que se realizan a productos agrícolas priorizados por la Dirección del país. Es coordinador del Grupo de Ecotoxicología de la Sociedad Cubana de Toxicología, dirige el Grupo Asesor Nacional de los Registros de Plaguicidas y Fertilizantes; es representante de la Toxicología en la Comisión Central de Priorizados del Ministerio de la Agricultura y Coordinador Nacional de los estudios de Toxicología Preclínica de los medicamentos priorizados, como consta en la Resolución Ministerial 228 y 229 del 1ro. de diciembre del 2003. Además el Centro funge como coordinador del Sistema de Acreditación de los laboratorios de la Red de Toxicología Preclínica.
 Por las dificultades constructivas en la edificación, al CENATOX se le asigna otra instalación, situada en el campamento del Hospital Docente “Dr. Carlos J. Finlay”, la que está incluida en el Plan Revolución y que en el mes de marzo del 2004 comenzó su remodelación.
Desde su fundación el Centro representa internacionalmente a nuestro país en la especialidad, esta actividad coloca a la Toxicología de Cuba en una posición reconocida e integrada a los planes y proyectos latinoamericanos.